SMA Negeri 109 Jakarta diresmikan sejak 15 Juni 1991, lahan dan gedung yang digunakan untuk SMAN 109 sebelumnya digunakan untuk Sekolah Pendidikan Guru (SPG) 3 Jakarta. Cikal bakal SMAN 109 Jakarta berawal pada tahun 1989, sejak saat itu secara resmi SPG (Sekolah Pendidikan Guru) dihapuskan oleh Pemerintah, dan gedungnya beralih fungsi menjadi gedung SMA. Pada awalnya sekolah ini bernama SMA ex SPG 3. Dikatakan SMA ex SPG, karena sekolah tersebut berada tepat di bangunan SPG 3.

Dra. Hermin Kusmiati, adalah Orang pertama dan anak muda pertama yang menjabat menjadi Kepala Sekolah SMAN 109 Jakarta, masa jabatannya sebagai kepala sekolah SMAN 109 Jakarta berakhir pada tahun 1991.

Pada awal peresmian SMAN 109 Jakarta, sebagian siswa SPG 3 Jakarta masih belajar di tempat yang sama sebagai angkatan terakhir dari SPG 3 Jakarta, hingga akhirnya seluruh siswa SPG 3 Jakarta lulus dan lahan dan gedung tersebut murni menjadi SMAN 109 Jakarta.

Pada sekitar tahun 1995, bangunan SMAN 109 Jakarta lama mulai di rehab, dari bangunan lama yang tidak bertingkat, sebagian mulai di bongkar dan di bangun gedung baru berlantai 3. Pembangunan yang dilaksanakan secara bertahap dan berlangsung hingga tahun 2005 semua bangunan lama habis digantikan dengan 2 bangunan 3 lantai untuk kelas dan kantor, 1 bangunan 2 lantai untuk laboratorium, dan 1 bagunan 1 lantai untuk perpustakaan ditambah dengan sebuah Masjid dan Sebuah Kantin. Hingga saat ini pun masih terus dilakukan pengembangan.